Hajóval egy teljesen más arcát tekintheti meg a Fertő-tájnak. Többféle hajózási program várja a turistákat, kirándulást tehet hajóval a Fertő-part osztrák oldalára. Részt vehet sétahajózáson, de felfedezheti a természeti értékeket, mivel hajózás során több helyen is kikötnek és tanulmányi túrát tesznek a Nemzeti Park csomag keretén belül. A Naplemente túrán a romantikus programra vágyók találják meg számításaikat. Az osztályokra is gondoltak, speciális osztálykirándulások alkalmával igénybe vehető hajókirándulások is vannak.